Сроки действительно часто затягиваются, особенно если подавали бумажно или с ошибками в реквизитах. У меня похожая ситуация была, но я после консультации с юристом все переделал. Мне посоветовали направить запрос на ускорение проверки через octo-lex — они подготовили грамотное обращение с ссылками на регламенты, и через неделю пришло уведомление о подтверждении права. Потом уже с этим уведомлением в бухгалтерию — и все пересчитали. Кстати, если есть возможность, лучше сразу подавать электронно через сайт ФНС, там сроки меньше. Но если уже зависло, имеет смысл привлечь тех, кто знает, как правильно давить на инспекторов, не нарушая процедуру.